De verkiezingen zijn net als vorig jaar opgebouwd uit verschillende elementen. Om te beginnen heeft het publiek een belangrijke stem. Via de website www.strandpaviljoen2013.nl kunnen bezoekers tussen 6 mei en 1 juli hun beoordeling in combinatie met een motivatie achterlaten. Daarnaast controleert Strand Nederland tijdens haar jaarlijkse bezoeken aan alle Nederlandse paviljoens alle bedrijven op een aantal punten. Uit de combinatie van publieksstemmen en strandronde komen de beste paviljoens per provincie naar voren die onderling de strijd aan zullen gaan om het Beste Paviljoen van Nederland te worden.

Om erachter te komen welke van deze paviljoens op alle punten goed scoren, maakt de organisatie voor de beoordeling van de beste paviljoens van de provincies gebruik van onafhankelijke specialisten: de mystery guests. Ieder met een eigen  gebied van expertise. Zij bezoeken de provinciewinnaars en zullen de uiteindelijke winnaar aanwijzen.

Naast de verkiezing van het Strandpaviljoen van het Jaar, zullen het Beste Strandpaviljoen per provincie, het Schoonste Paviljoen en het Beste Paviljoen volgens de Duitse bezoekers bekend gemaakt worden. De bekendmaking van de winnaars en de uitreiking van de prijzen vindt plaats op 4 juli bij de Zeemeeuw in Noordwijk.